La contaminación del agua en Chile tiene como mayor fuente las descargas directas de aguas servidas domésticas y residuos industriales líquidos en las masas de aguas superficiales, terrestres o marítimas, sin ningún tratamiento anterior. Todo esto se traduce en que actualmente nuestro país posea cuerpos de agua deteriorados que deben ser recuperados, algunos de nivel aceptable que deben mantenerse y recursos hídricos prístinos que necesitan ser preservados.
Los problemas derivados de la contaminación de las aguas están relacionados con el "volumen" y el tipo de contaminante, nos referimos con "volumen" a la magnitud del problema, ya sean estos problemas globales como el de la contaminación de los mares, o un problema menor como podría ser el de un estero y/o canal, cualquiera sea el volumen de esta contaminación, siempre tiene repercusiones en la salud humana. Relacionado con esto último, según cifras del PNUD (Programa Naciones Unidas para el Desarrollo), la contaminación de las aguas ha sido causante de la muerte de 25.000 personas anuales en los países en desarrollo.